Cuando los españoles llegaron a la región del antiguo Ystla, intentaron edificar —como en todas las tierras conquistadas— un templo para imponer la nueva religión, sin embargo los habitantes de la zona, por la noches destruían lo que a duras penas en el día edificaban los frailes españoles, hasta que desistieron, cambiando la edificación hacia el sur, edificando lo que ahora es el Templo de la Purísima Concepción.
Durante largos años los cimientos del templo ahora dedicado a San Mateo, estuvieron abandonados.
A finales de la época colonial fue que se reinició la reconstrucción de la capilla, según cuenta la leyenda, pasó por estas tierras un venerable anciano, que sorprendido porque al ingresar a la capilla notó que no había ninguna imagen de Cristo, por lo que de inmediato se ofreció a elaborar uno; los lugareños le respondieron que no tenían dineropara pagarle, por lo que el ancianoles pidió únicamente los materiales con los que confeccionaría el Cristo:
Cera de campeche, cáñamo, carrizo u otate y caña de maíz, entre otros elementos, ademas de comida para 15 días que era el tiempo que él estimaba en terminar, con la única condición de que no lo molestaran ni se acercaran a la capilla, que permaneció cerrada para que el anciano trabajara a gusto.
Pasaron más de 15 días y los habitantes del lugar se preguntaban cómo iba el anciano, hasta que se decidieron y entraron al Templo, encontrando el precioso Cristo que hasta ahora podemos venerar, sin ningún rastro del anciano.
Con el tiempo el Señor de Ixtla cambió su color enenegreciéndose al absorber los pecados de la gente que se acerca a él pidiéndole favores.
En un par de acasiones lo intentaron pintar de blanco, inútilmente, pues al otro día volvía a su color original.
A finales del siglo XIX, la cercana Hacienda de San Gabriel Las Palmas era propiedad de Don Ignacio Amor Escandón, su esposa, Doña Adelaida Suberville enfermó gravemente, y Don Ignacio pidió al Cristo de San Mateo que si su esposa sanaba, le haría una peregrinación hasta la hacienda dejando dote (velas y limosnas), dicha peregrinación se realiza hasta nuestros días.
Se dice que el Cristo sale con un peso muy ligero y cuando regresa el peso es tal, que las personas que lo trasladan apenas
pueden soportarlo.
Todas estas historias hicieron que en el 17 de marzo del 2000, El Obispo de Cuernavaca Luis Reynoso Cervantes, nombrara
al Templo de San Mateo como Santuario.
